โครงการพิเศษด้านวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์ ได้ดำเนินการเรียนการสอนโดยความเห็นชอบจากคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน โรงเรียนวิเชียรชมในปีการศึกษา 2549 โดยมีนายศิลปชัย ผลกล้า เป็นผู้อำนวยการโรงเรียนวิเชียรชมในสมัยนั้น ซึ่งเป็นการทดลองการดำเนินการจัดการเรียนการสอนในระยะแรกตั้งแต่ปีการศึกษา 2549-2552 และในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 4-6 เป็นการจัดการเรียนแบบอิงเกณฑ์ในระดับการเรียนใน 5 กลุ่มสาระการเรียนรู้หลัก ซึ่งนักเรียนจะต้องมีผลการเรียนเกิน 80% ในกลุ่มสาระการเรียนรู้ภาษาไทย คณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ ภาษาอังกฤษและสังคมศึกษาชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 และ 5
ต่อมาปีการศึกษา 2553 โรงเรียนได้มีการปรับปรุงหลักสูตร เป็นหลักสูตรที่มีการดำเนินจัดการเรียนการสอนได้ตามแนวทางของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ที่เน้นความสามารถพิเศษด้านวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์ เน้นการเรียนการสอนตามโครงสร้างรายวิชาพื้นฐานและการเรียนการสอนและในกลุ่มสาระการเรียนรู้วิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์ เน้นภาษาอังกฤษ รายวิชาละ 2 ชั่วโมง/ชั้น/สัปดาห์ และกิจกรรมเสริมด้านเทคโนโลยีคอมพิวเตอร์ในโปรแกรม Microsoft Word, Microsoft Publisher , Microsoft PowerPoint รวมถึงกิจกรรมเสริมด้านแหล่งเรียนรู้ที่เน้นด้านวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์ทั้งในและต่างประเทศ
ทั้งนี้การจัดการเรียนการสอนในชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 ชั้นละ 1 ห้องเรียนโดยการคัดเลือกนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 3 ทั่วประเทศ